Если место на флешке занято, а папок, как скрытых, так и системных нет. Это говорит о том, что от Вас вся информация на диске скрыта. Скрывает ее вирус, используя папку в имени которой он использует недопустимые символы. Такую папку не видно в Total Commander и Far, про проводник виндовс и речи нет.