Узнав об открытии дороги к центру Зоны, правительство решает провести крупномасштабную военную операцию по взятию ЧАЭС под свой контроль. Операция получает кодовое название "Фарватер". Согласно плану этой операции, первая группа военных должна направиться для воздушной разведки территории, для того, что бы впоследствии составить детальные планы расположения аномальных полей. Затем по отмеченным безопасным проходам выдвинутся основные силы военных.

Действие игры STALKER: Зов Припяти - Мёртвый город разворачивается после событий, изложенных в игре «STALKER: Тень Чернобыля». В предложенной версии Мёртвый город вас ожидает абсолютно иное развитие событий, а именно: новые локации, оружие, монстры, тайники, аномалии, артефакты, группировки.