Группа сталкеров впервые подобралась к самому сердцу Зоны — Чернобыльской АЭС, спровоцировав катаклизм, который едва не привел к катастрофе. Грандиозный Выброс аномальной энергии изменяет Зону. Проверенных и относительно безопасных дорог больше нет. Целые уровни пропадают в сполохах аномалий. Сталкеры и даже экспедиции гибнут или оказываются запертыми на пропавших территориях. На карте Зоны появляются новые места.

Встречаем продолжение игры S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо! Вас ждет дополненная сюжетная линия, привнесена некоторая часть хардкора, часть персонажей раскрыта с другой стороны, в финале присутствует полная гласность и судьба главного героя полностью зависит от логики в голове игрока.