Cобытия игры Crysis 3 разворачиваются в середине XXI века. Чтобы защитить Землю и наиболее крупные города от вторжения пришельцев, корпорация Cell накрывает эти города огромными куполами, под которыми начинаются процессы терраформирования. Пророку предстоит отправиться в игре в Нью-Йорк и, выяснив, что у корпорации Cell совершенно другие планы, состоящие в глобальном доминировании, вступить в сражение в густых тропических лесах.