В центре Зоны... Действие проекта «S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти» разворачивается после событий оригинальной игры — то есть после того, как Стрелок уничтожил проект «О-Сознание».

Получив сведения об открытии дороги к центру Зоны, правительство решает развернуть масштабную военную операцию под кодовым названием «Фарватер» для получения контроля над ЧАЭС. Согласно разработанному плану первая группа военных должна направиться для воздушной разведки территории и составить детальные схемы расположения аномальных полей. Затем по отмеченным безопасным проходам должны будут выдвинуться основные силы военных.