После событий первой части игры прошло 20 лет. Мировое сообщество окончательно распалось, города-государства по всему миру стараются решать свои проблемы самостоятельно, транснациональные фракции играют роль правительств. Но, как и в первой части, видимая невооруженным глазом картина мира является лишь верхушкой айсберга. Борьба за власть объединяет даже самых непримиримых соперников, фанатики пытаются обратить вспять ход истории, но агент антитеррористической коалиции UNATCO по-прежнему противостоит многочисленным врагам и стремится объединить человечество.